随着多色流式细胞仪的出现，新荧光染料和标记抗体也得到了长足发展。然而荧光染料的发射光谱并不是与流式细胞仪的检测通道**对应的。在大多数情况下，一种染料的发射光谱常常会横跨多个检测通道，这样会造成其它通道的信号造成干扰。并且不同蛋白的表达水平、染料的亮度都各不相同，如果染料搭配不合理，可能会对数据分析造成巨大困扰，甚至会因数据完全无法分析而导致实验失败。针对每个多色流式检测实验，设计合理的颜色搭配，会大大提高实验效率。虽然为实验中所需抗体选择*佳的荧光染料组合是一个复杂的过程。
荧光染料的亮度可以用来比较不同荧光染料的荧光标记效果，通过阴性细胞群与阳性细胞群的荧光信号之间的关系来表示。但是阴性细胞群的荧光信号受到信号强度、自发荧光、非特异性染色、仪器的电子噪声等多个因素相关。为了避免这些不易控制的因素干扰对荧光染料亮度的判断，科学家们提出了染色指数（Stain Index）的概念。
染色指数定义为阳性细胞群的平均荧光强度与阴性细胞群的平均荧光强度之差与阴性细胞群荧光强度标准差之间比值的一半。染色系数只和抗体克隆与质量、荧光团纯度与质量、荧光修饰比、激光线及其功率、长通和带通滤光片、目的细胞等因素相关。总体来说，染色指数与荧光染料的亮度呈正相关，即荧光染料亮度越高，其染色系数越高，反之亦然。
因此，通过染色指数可以看出常见的荧光染料的强度：PE > APC > FITC > PerCP。