脱氧核糖核酸（或DNA）是生物学中*重要的大分子之一。它可作为蛋白质合成等关键细胞过程的指导，是大量细胞结构的蓝图。由于DNA的重要性，已经开发了许多可视化和量化工具。已经创建了用于检测各种应用中的DNA的试剂和探针 - 显微镜，凝胶电泳和流式细胞术等等。市场上有超过50种不同的染料，确定任何给定实验的*佳染料可能有点压倒性。为了简化这个过程，我们认为这是10种*佳DNA染料。
溴化乙锭（Key：价格便宜、技术成熟、橙色荧光、荧光显微镜、凝胶电泳）
溴化乙锭（EtBr）是*受欢迎的DNA探针之一。这是因为它是**批商业化的产品之一。早在20世纪50年代，它就被用来**牲畜**。在20世纪70年代，科学家开始将其用作DNA探针。除了早期采用，溴化乙锭相对便宜。即使是大批量生产，它仍然非常实惠，每克约30美元。
溴化乙锭非常适合在琼脂糖凝胶电泳中染色DNA。它还可用于检测PCR中的dsDNA。与DNA结合后，EtBr的亮度增加约20倍。当被UV光（~300nm）激发时，它释放橙色荧光（605nm）。溴化乙锭也可以根据RNA折叠发生的程度来检测RNA。然而，溴化乙锭不是检测活细胞中DNA的良好探针。这是因为它对完整的细胞膜是不可渗透的。
多年来，人们对溴化乙锭的使用产生了健康问题。特别是，人们对溴化乙锭作为诱变剂的作用提出了担忧。当大量暴露时，溴化乙锭会干扰人体中的DNA复制和转录。这是由于其作为嵌入剂的特性。然而，在低浓度下，它不被视为危险废物。这引发了关于溴化乙锭是否适合传统实验室使用的激烈争论。
碘化丙啶（Key:流式细胞仪、多路复用、红色荧光、死细胞、不渗透、488nm）
碘化丙啶是DNA探针和嵌入剂。它与溴化乙锭属于同一化学家族。与溴化乙锭一样，碘化丙锭具有形成其核心的含氮环结构。它的不同之处在于它具有另外的季胺，其与碘离子离子结合。与DNA结合后，碘化丙锭的荧光增加20-30倍。如果发生折叠，它也可以与RNA结合。碘化丙锭是膜不可渗透的。它只能进入膜受损的细胞。这使其成为识别死细胞的优良探针。它还可用于定量评估生物样品中的DNA含量。
碘化丙啶没有序列偏好，每4-5碱基对大约结合一次。它可以通过氙灯或汞灯以及488 nm氩离子激光器激发。由于其在617nm处的发射，它可以容易地用于多重测定。它可以与绿色荧光探针如荧光素结合使用。它也可以用作多色分析的复染剂。
就价格而言，它比溴化乙锭（每克约1000美元）贵得多。然而，它是用于流式细胞术的非常常见的染料。它还可用于荧光显微镜和荧光光谱。本产品，百萤有售，见货号Cat#17515。
结晶紫（Key:凝胶电泳、无荧光、灵敏度差、价格便宜、无毒）
结晶紫是一种简单的化合物，由三个结合苯环组成，附着在三个胺上。它长期以来一直用于各种医学目的，既可作为**剂又可作为局部防腐剂。它也具有作为组织学染色剂的长期使用历史，其早期用途可追溯到1800年代后期。结晶紫可能因其在革兰氏染色中的应用而广为人知，以确定**是革兰氏阳性还是革兰氏阴性。作为DNA探针，结晶紫可用于凝胶电泳中的核酸检测。在这些应用中，它可用作荧光探针（如溴化乙锭）的替代品。这是一个特别有力的优点，因为使用紫外光源激发荧光探针可能导致DNA降解。然而，对这种结晶紫的应用的权衡是灵敏度的损失。在实验中，结晶紫被证明对DNA的敏感性低于荧光探针如溴化乙锭。尽管溴化乙锭可以在凝胶带中检测到1 ng的DNA，但结晶紫的灵敏度约为16 ng。如果使用复染剂如甲基橙，则该灵敏度可提高至8 ng。但是，它仍然不如溴化乙锭敏感。
在定价方面，水晶紫是非常实惠的。它也是相当无毒的。如果健康问题是一个问题，结晶紫可以作为一些更危险的化合物，如溴化乙锭的无毒替代品。
dUTP-缀合探针（Key:多功能，直接标记，杂交，PCR，FISH，DIG-dUTP）
dUTP-缀合探针是一类灵敏的DNA检测探针，主要是由于它们提供的实验灵活性。基本思想是使用所谓的链接器将探针附加到dUTP。然后，通过分子技术将dUTP掺入DNA中。这也将探针结合到DNA大分子中。以这种方式，DNA被探针标记。因为dUTP可以与许多不同的探针缀合，所以dUTP-缀合物具有广泛的潜在应用。例如，dUTP探针可用于监测PCR反应。它们也可以用作FISH程序中的探针。通常，dUTP探针在发生DNA杂交的情况下表现优异。
一些*常见的dUTP缀合物包括用洋地黄毒苷（DIG），生物素和荧光素等化合物标记。用这些化合物标记都提供用于DNA检测的非放射性探针。特别是这些探针也在**测定如ELISA中得到广泛应用。该产品百萤生物有售，见货号Cat#17011。